《三国志》7、8代的武将扮演系统并不是太受欢迎，使人有一种信长系列的三国版本感觉，所以《三国志9》将放弃7、8代的全武将扮演系统，回归到系列传统的“君主扮演系统”，也就是说玩家在9代中不能在选择扮演关羽等武将角色了，而只能选择刘备等诸侯角色。
《三国志9》代中最重大的改变就是舍弃了战略与战术的地图转换，这种游戏模式的雏形在《信长野望之苍天录》中我们都已经体会到，但是有区别的是，《信长野望之苍天录》的大地图与城市地图还是要进行相互的切换，而且也不是会有《信长之野望：苍天录》那种即时战略系统。如果说想找一款现行游戏的模式来形容《三国志9》的新特征，只能说《信长之野望：苍天录》和《信长之野望：将星录》的结合体才能可以很好地形容9代，有一点要说明的是这是回合策略游戏，而不是即时战略游戏。游戏中会加入即时战略的元素，但是，这并不是KOEI的强项。游戏的内政和战斗都将会在同一张地图上实行。官方的定义就是：临机应变战略。战略部署的策略指令能够使用在战术战争中，而在防御方，可以随时请求友好城市和自方城市的支援。战略战术策略的结合，巧妙的策略搭配，大大增加了游戏的趣味性。
游戏特色

⒈战斗方式类似实时战争游戏，直接在地图上开打（但单挑和策略会另开画面）。
⒉只能扮演君主，不能扮演其它武将。如果想要使用自己创造的新武将，也必须以君主身份出现。所以也减少很多人际关系、人才培养的指令。最多可玩八人。
⒊一年有36个回合，每回合两个阶段（战略面、进行面）。进行面时，我方武将会根据战略面所下的指令执行命令。此时完全无法变更命令。
⒋每个城市（据点）间都有固定行军路线。因此可在两城之间放置碉堡等防御设施，阻挡敌军的攻击，也可以做为我军休息处。
⒌除了10个史实剧本外，还有10个虚拟剧本，例如：超越时空限制，所有君主、武将都登场的剧本。
⒍在战斗中发动“兵法”，有可能会产生扭转局势的效果。出阵时，在武将已学得的“兵法”里选择其一，便能在战斗中使之发动。在《三国志9》中，一个部队最多可以有5名武将，若能妥善利用武将的连动，“兵法”的威力将会变得更大。
⒎可以提拔小兵当武将！这是《三国志9》当中一个独一无二的设置，须知，许多名将都是从士兵提拔起来的，为什么平凡的小兵就无法成为武将呢？这个功能可以让你提拔被历史埋没的人才。当能力较高的武将在征战时发动兵法、营造设施之后，在换季的时候就可以提拔一名士兵充当武将。首先要替这位武将选择一名老师，经过一个季度的指导之后，这名小兵就会被提拔成武将，正式加入你的麾下！