这个夏日又出现了奇怪的事情，每个人的身边都伴随着固定的天气。虽然如此，博丽神社的巫女博丽灵梦并没有什么大动作。自己身边的天气是晴天，虽然热了点，但是没有什么太大影响。直到有一天，突然发生的局部大地震让博丽神社倒塌了。

灵梦对倒塌的神社无从下手，也不知道这算不算是异变。没过多久，住在魔法之森的魔法使雾雨魔理沙过来串门，灵梦从魔理沙口中得知魔法之森并没有发生地震，而魔理沙身边的天气一直是雨天。终于发觉这是异变的灵梦，思考着绯色之云出现的原因，留下魔理沙一人修理神社，自己开始解决异变。灵梦走后，红魔馆的女仆十六夜咲夜来到了神社，见到神社倒塌的情况，咲夜表示她知道有一个人可能是异变的元凶。不过既然灵梦已经开始行动了，咲夜表示打算坐看好戏。

来到魔法之森的灵梦没有发现地震的痕迹。此时灵梦碰到了七色的人偶师爱丽丝·玛格特罗依德，爱丽丝带来了冰雹的天气。发觉异变已经发生的爱丽丝，正巧在和灵梦的对话中提到了博丽神社，触到了灵梦现在的伤心处，为此二人展开了弹幕战。战后输掉的爱丽丝惊讶地得知神社已被地震破坏，正要进一步询问时，天气突然变成了川雾。

正出来闲逛的三途河畔的摆渡人，死神小野冢小町出现了。灵梦发现大家从身体中泄露出来的气和绯色天气的气是同一种。为了防止这种气被引发异变的人利用，灵梦决定通过决斗消除这些气。

刚刚被前来调查的白玉楼的庭师魂魄妖梦斩过的小町，此时又被灵梦击败，小町的气被灵梦压过，因此天气变成了晴天。灵梦继续寻找异变的元凶，而小町发现通过观察天气可以了解本人的气质，而气质就是幽灵的表现，也就是人死后的样子。感到有打发时间的事情了，小町也加入了异变的调查。

当发现妖怪之山山顶的绯色云雾不会散去之后，灵梦立刻前往妖怪之山。鸦天狗射命丸文挡在了灵梦的身前，阻止了她的前进。灵梦击败文之后，文向天狗们打了招呼，灵梦顺利地上山了。

妖怪之山的山顶已经被积雨云笼罩，即使灵梦来到这里，这里的天气也无法变为晴天。感觉异变的原因就在这里的灵梦碰到了龙宫使者永江衣玖，永江衣玖是为了向幻想乡的居民们传达地震将至的消息而来的。灵梦误以为预报地震的衣玖就是异变的元凶，于是灵梦愤怒地打败了衣玖。但是地震的危机并没有由此解决，衣玖告诉灵梦，源头还在云层的上方。灵梦向着天上飞去，而衣玖则继续前往幻想乡传递地震将至的消息。

此时，参与调查的小町发现天子因为要引发幻想乡的大规模地震，所以将幽灵斩杀来取得绯色气质，使最近幽灵的数量减少了很多，并且因为自己的偷懒，没有及时带幽灵渡过三途河，使这次的损失加大了。回去必然挨骂的小町找上了正在修理神社的天人少女比那名居天子，却发现天子已经多次打败引天子超度的地狱使者而延长寿命，对死神十分轻视。于是，小町狠狠地教训了天子。却因为自己只是摆渡的死神，所以并不会给天人带来死亡的灾祸。

异变貌似已经解决，但是永远亭的药师八意永琳却派出了月兔铃仙·优昙华院·因幡继续调查。因为迷途竹林里长出了弯曲的竹子，这预示着地震仍然会发生。四处调查的铃仙造访了红魔馆，红魔馆之主，绯红恶魔蕾米莉亚·斯卡雷特正在对咲夜抓来的嫌疑人进行调查。这让找错了元凶却已经知道了异变的真相的魔法使帕秋莉·诺蕾姬很生气，于是她故意不告诉蕾米莉亚异变真相，让蕾米莉亚白忙活一场。离开了红魔馆的铃仙又来到了冥界的白玉楼，受到白玉楼的主人华胥之亡灵西行寺幽幽子的指引的她决定前去参加新博丽神社（复原）的落成仪式，结果看到了变成废墟的新神社，顺便得知了要石被插入了神社，地震不会再发生的消息。

其实神社在天人们的努力下已经修复，但是天子的行为却把妖怪贤者八云紫惹怒了。因为名居一族在地上插入要石，其实就是强化其在地上的支配力。如果镇压地震的要石被拔出的话，更大规模的地震又会发生。而且在重建神社时，还增加了天子家系的神位，这对紫来说是无法容忍的。于是紫和天子展开了战斗，在天子与紫的战斗中，新神社再次倒塌了。

再次重建的工程交给了鬼伊吹萃香，萃香用能力召集了鬼和天狗一起来重建神社。进度比工作一天然后再天界休息歌唱一天的天人们快了许多。为了纪念，萃香在天界举办了一场宴会，用能力再次把大家聚集在一起。原来在灵梦前来解决异变之前，萃香就已经将天子打败了，但是萃香并没有解决异变，而是从天子那里要来了天界的一块地，用来举办宴会。

前来参加宴会的人其实被提前告知这是“大家一起虐天人祭”，将这次被异变影响的人们的怨气发泄出来。没想到不再保留实力的天子打败了所有的人，最终这次祭典还是变成了一场普通的宴会，食物是萃香的美酒和咲夜制作的鲶鱼料理。

不久之后，新的神社建好了。但是萃香仍然待在天界。

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